STORES確定申告のやり方｜いくらから必要？申告方法4つ比較
最終更新日: 2026年7月31日
STORESでネットショップを運営していると、年末が近づくにつれて必ずこの疑問にぶつかります。「この売上、確定申告しないとダメなの？」「そもそもSTORESの売上って、管理画面のどの数字を書けばいいの？」
調べても出てくるのは、税理士事務所や会計ソフト会社が書いた一般論ばかり。「STORESの管理画面のどこを見ればいいか」までは誰も書いていません。
この記事でわかることは3つです。
- 売上いくらから申告が必要か（給与あり／なしで分岐）
- STORES管理画面の「売上」「入金」のどちらを申告に使うのか
- 国税庁の無料ツールと会計ソフト3社、どれを選ぶべきか
結論から言うと、判断基準は「売上」ではなく「所得（売上−経費）」。そして申告に使う数字は入金額ではなく、オーダーの総額です。ここを間違えると、STORESに引かれた決済手数料の分だけ税金を余計に払うことになります。
私はSTORESでネットショップを運営している個人事業主です。クレジットカードの不正利用（チャージバック）を食らった時の記録もこのブログに残しています。売上データの見方も、手数料がどう引かれるかも、実際に管理画面を触っている側の目線で書きます。
制度の数字は国税庁のタックスアンサー、料金と連携の可否は各社の公式サイトで確認したものだけを載せています（2026年7月30日時点）。先に比較だけ見たい人は「申告方法4つを比較」へ飛んでください。無料で済む人と、ソフトを買ったほうが得な人の境目を書いています。
STORESの売上はいくらから確定申告が必要？【分岐図】
結論：会社員の副業なら「所得20万円超」、給与のない専業なら「合計所得が基礎控除額を超えるか」で決まります。判断するのは売上ではなく所得です。
まず大前提。税金がかかるのは「売上」ではなく「所得」です。
所得 ＝ 総収入金額 − 必要経費（国税庁タックスアンサーNo.1350）
STORESで年間100万円売れていても、仕入と手数料と送料で80万円かかっていれば所得は20万円です。売上100万円という数字だけを見て慌てる必要はありません。
パターンA：会社員・パートで給与がある人（副業）
1か所から給与をもらい、年末調整も済んでいる。この場合、給与所得・退職所得以外の所得の合計が20万円を超えると確定申告が必要です（国税庁タックスアンサーNo.1900）。
ここでいう20万円もやはり「所得」。STORESの売上からSTORESの手数料・仕入・送料・梱包材を引いた残りが20万円を超えるかどうかで見ます。ブログのアフィリエイト収入など、ほかに副収入があるなら合算します。
パターンB：給与がない人（専業・主婦・学生など）
この場合は「所得が基礎控除額を超えるか」が目安になります。そしてここが2026年の一番の落とし穴です。基礎控除の金額が変わりました。
令和7年度の税制改正で、所得税の基礎控除は合計所得金額に応じた段階制になりました（国税庁タックスアンサーNo.1199）。
| 本人の合計所得金額 | 令和6年分以前 | 令和7年分・令和8年分 | 令和9年分以後 |
|---|---|---|---|
| 132万円以下 | 48万円 | 95万円 | 95万円 |
| 132万円超336万円以下 | 48万円 | 88万円 | 58万円 |
| 336万円超489万円以下 | 48万円 | 68万円 | 58万円 |
| 489万円超655万円以下 | 48万円 | 63万円 | 58万円 |
| 655万円超2,350万円以下 | 48万円 | 58万円 | 58万円 |
つまり「専業なら48万円超で申告」という説明は、令和6年分までの話です。令和7年分・令和8年分については、合計所得が132万円以下の層の基礎控除は95万円。ネットで見つかる古い記事の「48万円」を信じたままだと、判断を間違えます。
なお95万円・88万円・68万円・63万円という上乗せ後の金額は令和7年分と令和8年分の措置で、令和9年分以後は合計所得2,350万円以下が一律58万円に戻る予定です（同No.1199）。
分岐図：あなたはどれ？
- 給与あり＋STORESなどの所得が20万円以下 → 所得税の確定申告は不要。ただし住民税の申告が必要になる場合あり
- 給与あり＋STORESなどの所得が20万円超 → 確定申告が必要
- 給与なし＋所得が基礎控除額以下（令和7・8年分は最大95万円） → 所得税は0円。ただし住民税の申告は別途必要になる場合あり
- 給与なし＋所得が基礎控除額超 → 確定申告が必要
- 赤字だった → 義務ではないが、青色申告なら損失を翌年以降に繰り越せるので申告したほうが得
ここで見落としがちなのが住民税です。「20万円ルール」は所得税の話で、住民税には同じルールがありません。所得税の申告が不要でも、市区町村への住民税申告が必要になるケースがあります。判断が微妙な人は、住んでいる自治体の税務課に確認してください。これは電話1本で終わります。
「これって使えるの？」を運営や役所に直接聞くのは私がよくやる手です（ジムの会費で医療費控除が使えるか本部に問い合わせた記事も同じノリ）。制度の話は、迷ったら一次情報に当たるのが一番速いです。
STORESの売上データはどこを見る？管理画面の3か所
結論：申告に使うのは［ネットショップ］タブの「売上」。「入金」は手数料が引かれた後の金額なので、そのまま売上高にしてはいけません。
STORESの公式FAQによると、売上と入金の確認場所はこう分かれています。
| 場所 | 見られる数字 | 確定申告での使い道 |
|---|---|---|
| ［ネットショップ］＞［売上］ | 該当月の全オーダーの合計金額 | 売上高（総収入金額）のもと |
| ［ネットショップ］＞［入金］ | 各種手数料を差し引いた実際の入金予定額。右上からCSVダウンロード可 | 手数料の金額＝経費の確認、通帳との照合 |
| ［オーダー管理］＞オーダーCSV出力 | 1回で最大10,000件のオーダー明細 | 売上の内訳を残す証憑 |
そしてこれは知らない人が多いのですが、STORESの公式FAQにはっきりこう書かれています。
STORESでは売上・入金の明細書の発行は承っておりません
STORES ネットショップ よくある質問「【売上管理】売上や入金の詳細を確認するにはどうすれば良いですか？」
紙の明細書は出てきません。だから証憑は自分で作る必要があります。私がやっているのは、入金タブのCSVを毎月ダウンロードして年月フォルダに放り込むだけ。1分で終わりますが、これをやっていないと年明けに1年分をさかのぼる地獄が待っています。
過去月を見るには、売上タブは画面上部の年月横の青い三角マーク（▼）、入金タブは画面左上の「∨」から切り替えます。
STORES運営者が間違えやすい3つのポイント
結論：①入金額を売上高にする ②12月分の売上を翌年に入れる ③代金引換を数え忘れる。この3つで税額がズレます。
①入金額を売上高として書いてしまう
一番多いミスです。銀行に振り込まれた金額をそのまま売上高に書くと、決済手数料と振込手数料を経費として計上できません。
正しくは、売上高はオーダーの総額（送料・消費税込み）で計上し、引かれた手数料は「支払手数料」として経費に立てます。金額の合計は同じでも、経費として記録が残るかどうかが違います。
STORESの公式FAQに載っている計算例で見てみましょう。8月に15,000円（送料・消費税込）の売上があった場合の入金額です。
| プラン | 計算式 | 入金額 |
|---|---|---|
| フリープラン（決済手数料5.5%） | 15,000円 − 825円 − 275円（振込手数料） | 13,900円 |
| スタンダードプラン（決済手数料3.6%） | 15,000円 − 540円 − 275円（振込手数料） | 14,185円 |
フリープランのケースなら、売上高15,000円／支払手数料1,100円。入金の13,900円を売上高にしてしまうと、1,100円分の経費が消えます。1件でこれなら、年間ではいくら消えるか。次で試算します。
年間売上120万円で試算してみる
フリープラン（月額0円・決済手数料5.5%）で、毎月10万円ずつ・年間120万円売れたと仮定して、公表されている手数料率から計算します。
| 項目 | 計算 | 金額 |
|---|---|---|
| 売上高 | 10万円 × 12か月 | 1,200,000円 |
| 決済手数料 | 1,200,000円 × 5.5% | 66,000円 |
| 振込手数料 | 275円 × 12回 | 3,300円 |
| 手数料の合計（経費） | − | 69,300円 |
年間69,300円。入金額を売上高にしてしまうと、この約7万円が経費から消えます。所得税5%＋住民税10%の層なら、単純計算で1万円ほど税金を払いすぎることになります。会計ソフトの年額とほぼ同じ額です。
ついでに、ここに仕入40万円・送料や梱包材10万円を足すと、所得は 1,200,000 −（69,300 + 400,000 + 100,000）＝ 630,700円。会社員の副業なら20万円超なので申告が必要、給与のない専業なら令和7・8年分の基礎控除95万円以下なので所得税は0円、という分かれ方になります。同じ売上120万円でも結論が真逆です。
②12月に売れた分の入金は1月末になる
STORESの売上は月末締め・翌月末払いです。12月に売れた分が振り込まれるのは1月末。
ここで通帳の入金だけを追っていると、12月の売上を翌年の売上にしてしまいます。青色申告で複式簿記をつけるなら、12月分は12月の売上として計上し、年末時点では「売掛金」として残しておくのが原則です。
さらに厄介なのが少額のとき。手数料を引いた入金額が10,000円未満だと、翌月末には振り込まれず繰り越されます（振込設定によります）。売れた月と入金月が2か月以上ズレることがある、ということです。売上の小さいショップほど、通帳ベースの管理は事故ります。
③代金引換はSTORESから入金されない
STORESの公式FAQでは、振込対象の決済方法（クレジットカード、コンビニ決済、あと払い（ペイディ）、atone、銀行振込、PayPal、キャリア決済、楽天ペイ、PayPay残高、Amazon Pay）と、STORES以外から振り込まれる決済方法＝代金引換が明確に分けられています。
そして代金引換は、STORESから入金のない取引データになるためfreee会計連携の対象外とも明記されています。つまり会計ソフトに自動で入ってきません。代引を使っているショップは、ここだけ手で入れる必要があります。「自動連携にしたから完璧」と思い込むと抜けるポイントです。
STORESで経費になるもの一覧
結論：STORESに払っているお金はほぼ全部経費です。決済手数料と振込手数料を忘れないでください。
- 決済手数料（フリープラン5.5%〜／スタンダードプラン3.6%〜）
- 振込手数料（275円／回）、10,000円未満で振込設定の場合は事務手数料275円も
- STORESの月額利用料（スタンダードプランは店舗ごとに月額3,300円・税込）
- 商品の仕入代金（売上原価）
- 送料、ダンボール・封筒・緩衝材などの梱包資材
- 撮影用の備品、商品撮影の外注費
- 広告費（SNS広告など）
- 会計ソフトの利用料（国税庁も「利用料は必要経費として計上できます」としているソフト会社の説明どおり、事業用なら経費）
- 通信費・電気代の事業使用分（家事按分。事業に必要な部分を明らかに区分できる場合に限ります）
家事按分は「なんとなく半分」ではダメで、事業で使っている割合を説明できる形にしておく必要があります（国税庁タックスアンサーNo.1350）。作業時間や使用面積など、自分で決めた根拠をメモに残しておくと後が楽です。
申告方法4つを比較｜国税庁の無料ツール vs 会計ソフト3社
結論：全員に会計ソフトは要りません。売上が小さくて経費の種類も少ないなら国税庁の作成コーナーで十分です。ソフトが効くのは青色申告特別控除65万円を狙うときです。
各社の公式サイトで料金と機能を確認し、STORESとの連携可否はSTORES側・ソフト側の公式情報で裏を取りました（2026年7月30日時点／ソフトの料金はすべて税抜）。
| 国税庁 確定申告書等作成コーナー | freee会計 スターター | マネーフォワード クラウド確定申告 パーソナルミニ | やよいの青色申告 オンライン セルフプラン | |
|---|---|---|---|---|
| 料金 | 0円 | 年額11,760円 （月払980円/月） | 年払900円/月 ＝年額10,800円 （月払1,280円/月） | 年額11,800円 キャンペーンで1年間無料 |
| STORESとの連携 | なし（手入力） | あり STORES公式のfreee会計連携。1日1回、前日分の売上を自動取込 | あり 連携で入金された売上と手数料を取得 | あり スマート取引取込がSTORESに対応 |
| 帳簿づけ（複式簿記） | できない （決算書の数字を入力するだけ） | できる | できる | できる |
| 消費税申告 | 対応 | 非対応 （スタンダード年額23,760円以上） | 非対応 （パーソナル年額15,360円以上） | 全プラン対応 |
| サポート | 税務署・電話相談センター | チャット・メール | メール・チャット | WebFAQのみ （電話はベーシック年額22,800円から） |
| 向いている人 | 所得が小さい／経費の種類が少ない／お金をかけたくない | 簿記がわからない／STORESが売上の柱 | 年額を一番安くしたい／請求書など他機能も使う | 初年度のコストを0にしたい／消費税申告が必要 |
国税庁の作成コーナーで足りるケース
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」は無料で、画面の案内に沿って入力すれば申告書ができます。青色申告決算書も作れるので、e-Taxで期限内に送信すれば65万円の青色申告特別控除も制度上は可能です。
ただし正直に言うと、弱点があります。帳簿はつけられません。あくまで「集計が終わった数字を入力するツール」です。複式簿記の仕訳は自分でエクセルなり手書きなりでやる必要があります。取引が月10件くらいなら余裕、月100件だと現実的ではありません。
私ならこう選ぶ
全部おすすめする記事は読者を迷わせるだけなので、条件を切って書きます。
- 所得が20万〜50万円くらい／オーダーが月10件程度 → 国税庁の作成コーナー（無料）。この規模で年1万円のソフト代を払うのは、正直もったいない
- 青色申告で65万円控除を狙う → 会計ソフト。所得税5%＋住民税10%の層でも、65万円 × 15% ＝ 約9.75万円が単純計算の効果。年1万円のソフト代は十分に回収できる計算になります
- STORESが売上のメイン／簿記が本当にわからない → freee会計。STORESの公式FAQに手順が用意されている直接連携があり、前日分の売上が1日1回自動で入ってきます
- とにかく初年度のコストを0にしたい → やよいの青色申告 オンライン セルフプラン。キャンペーンで1年間無料。1年使って合わなければ乗り換える、が一番リスクが低い
- 消費税の課税事業者になった／インボイス登録済み → やよいの青色申告 オンライン セルフプラン。全プランで消費税申告に対応していて、この条件では最安になります
- 年額を最安にしたい → マネーフォワード クラウド確定申告 パーソナルミニ（年払で年額10,800円）
- 入力や比較そのものが面倒／とにかく丸投げしたい → タックスナップ。レシートの管理から確定申告書の作成までアプリにお任せできるサービス
逆に言うと、売上がまだ小さいうちにソフトを契約する必要はありません。STORESのフリープランで細々と売っている段階なら、無料の作成コーナーと入金CSVの保存で回ります。ソフトを入れるのは「帳簿づけが手作業では無理になったとき」か「65万円控除を取りにいくとき」の2択でいいと思います。
無料で試してから決める
3社とも無料期間があります。STORESとの連携が自分のショップでちゃんと動くかは、実際に繋いでみないとわからないので、確定申告の直前ではなく余裕のある時期に試すのが正解です。連携は「さかのぼって取り込む」こともできるので、途中から始めても間に合います。
- ▶ freee会計の料金プランとSTORES連携を確認する（無料ではじめる）
STORES公式に連携手順があるのはここ。簿記の知識ゼロから始めるならこれ - ▶ やよいの青色申告 オンラインの1年間無料キャンペーンを見る
初年度0円。消費税申告まで全プランで使えるのが強い - ▶ マネーフォワード クラウド確定申告の料金を確認する（1か月無料）
年額10,800円で最安。請求書や経費など他サービスも使いたい人向け - ▶ 国税庁 確定申告書等作成コーナー（無料）
まずここで自分の数字を入れてみて、しんどかったらソフトを検討する、でもいい - ▶ 知識不要でスワイプするだけ。頑張らなくていい確定申告アプリ【タックスナップ】
入力や比較が面倒な人向け。レシートの管理から確定申告書の作成までアプリにお任せできる
青色申告で65万円控除を取るための条件
結論：複式簿記＋貸借対照表の添付＋期限内提出で55万円。そこにe-Taxか優良な電子帳簿保存が加わって65万円です。
国税庁タックスアンサーNo.2072によると、青色申告特別控除の要件はこうなっています。
| 控除額 | 主な要件 |
|---|---|
| 10万円 | 55万円・65万円の要件を満たさない青色申告者 |
| 55万円 | 事業所得などがある／正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）で記帳／貸借対照表・損益計算書を添付し、翌年3月15日の期限までに提出 |
| 65万円 | 55万円の要件＋e-Taxで期限内に申告、または仕訳帳・総勘定元帳を優良な電子帳簿の要件で保存 |
注意点が2つ。1つは期限後申告だと55万円・65万円は使えないこと。還付申告でも同じで、3月15日を過ぎたら10万円になります。もう1つは、所得が控除額より少ない場合はその所得金額が上限になること。所得30万円の人が65万円控除で赤字を作る、ということはできません。
青色申告承認申請書の期限
ここが一番の落とし穴です。青色申告は「やろう」と思った年にいきなりできません。事前の申請が必要です（国税庁タックスアンサーNo.2070）。
- 原則：青色申告の承認を受けようとする年の3月15日までに「青色申告承認申請書」を提出
- その年の1月16日以後に新規開業した場合：業務を開始した日から2か月以内
つまり令和8年分（2027年2月16日〜3月15日に申告する分）から青色申告にしたいなら、2026年3月15日までに申請が必要だったということ。この記事を7月に読んでいるなら、令和8年分は間に合いません。令和9年分から狙うなら2027年3月15日までに申請書を出しておきます。
帳簿と書類の保存期間は原則7年（請求書・見積書・納品書・送り状などは5年でよいものもあります）。STORESの入金CSVも、この保存対象として扱えるように残しておくのが安全です。
消費税とインボイスはどう関係する？
結論：前々年の課税売上高が1,000万円以下なら原則として消費税の納税義務は免除されます。ただしインボイス登録をしていると免除されません。
国税庁タックスアンサーNo.6501によると、個人事業者は基準期間（その年の前々年）の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として消費税の納税義務が免除されます。
ただし例外があります。
- 適格請求書発行事業者（インボイス）の登録を受けている場合は、1,000万円以下でも免除されません
- 特定期間（前年1月1日〜6月30日）の課税売上高が1,000万円を超える場合も免除されません（給与等支払額で判定することも選べます）
- 消費税課税事業者選択届出書を出している場合も免除されません
ここがソフト選びに直結します。消費税申告が必要な人は、freeeならスタンダード（年額23,760円）、マネーフォワードならパーソナル（年額15,360円）以上が必要。一方、やよいの青色申告 オンラインは全プランで消費税申告に対応しています。「消費税が必要になった瞬間に、freeeとマネーフォワードは実質的な価格が上がる」という構造です。比較表の最安値だけ見ていると、ここで想定が崩れます。
よくある質問
Q1. STORESから売上・入金の明細書はもらえますか？
もらえません。STORESの公式FAQに「売上・入金の明細書の発行は承っておりません」と明記されています。代わりに［ネットショップ］＞［入金］の右上からCSVをダウンロードできるので、毎月落として保存しておくのが現実的な対応です。オーダーの明細が必要なら、オーダーCSV出力（1回で最大10,000件）を使います。
Q2. 売上が20万円を超えたら確定申告が必要ですか？
20万円は「売上」ではなく「所得」の話です。給与所得者の場合、給与所得・退職所得以外の所得の合計が20万円を超えると申告が必要になります（国税庁No.1900）。売上が50万円でも、仕入と手数料などの経費で35万円かかっていれば所得は15万円です。まず経費を引いてから判断してください。
Q3. 赤字だったら申告しなくていいですか？
義務がないケースはありますが、青色申告なら純損失を翌年以降に繰り越して、黒字になった年の所得から差し引けます（国税庁No.2070）。ネットショップは初年度に仕入や機材で赤字になりがちなので、赤字の年ほど申告しておく価値があります。
Q4. 12月に売れて1月に入金された分は、どっちの年の売上ですか？
STORESは月末締め・翌月末払いなので、12月の売上は1月末に入金されます。複式簿記（発生主義）で記帳する場合、12月の売上として計上し、年末時点では売掛金として残します。入金額が10,000円未満だと翌月末に振り込まれず繰り越されることもあるので、通帳の入金日ベースだけで管理していると必ずズレます。
Q5. 開業届を出していませんが、確定申告はできますか？
申告そのものはできます。ただし青色申告をするには「青色申告承認申請書」の提出が必要で、期限は原則としてその年の3月15日（1月16日以後の新規開業なら開業から2か月以内）です（国税庁No.2070）。青色を使いたいなら、この期限だけは先に押さえておいてください。
まとめ
この記事の要点を4行にまとめます。
- 判断基準は売上ではなく所得。給与ありなら20万円超、給与なしなら基礎控除額（令和7・8年分は最大95万円）超
- 申告に使う数字は［売上］タブのオーダー総額。［入金］タブの金額は手数料が引かれた後
- 年間売上120万円・手数料5.5%なら、手数料だけで約69,300円が経費。ここを落とすと約1万円払いすぎる
- 会計ソフトが必要なのは65万円控除を狙うときと、手作業の帳簿が限界に来たとき。それ以外は国税庁の無料コーナーで足りる
まずは今月分の入金CSVをダウンロードして、フォルダに1枚放り込んでください。それだけで来年の自分がだいぶ楽になります。そのうえで帳簿づけが重いと感じたら、無料期間のあるうちにソフトを1つ繋いでみる。この順番が一番失敗しません。
なお、この記事は制度と各社の公表情報を整理したものです。あなたの税額がいくらになるか、事業所得か雑所得かといった個別の判断は、所轄の税務署または税理士に確認してください。税務署の電話相談センターは無料で、申告時期以外なら比較的すぐ繋がります。
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※制度の内容は国税庁タックスアンサー（No.1199／No.1350／No.1900／No.2070／No.2072／No.6501）、料金・連携情報は各社公式サイトおよびSTORES公式ヘルプで確認した2026年7月30日時点のものです。制度や料金は改正・変更されるため、実際の申告前に最新の情報をご確認ください。
※経費になるかどうかの判断軸や、STORES運営者の経費一覧はネットショップ・副業の経費はどこまでOK？判断基準を一覧表で整理にまとめました。あわせてどうぞ。
※確定申告とあわせて、副業をする人が気になる事柄も記事にしました。副業の住民税を普通徴収にする方法と、確定申告書のどこにチェックを入れるか、ネットショップの開業届が扶養・失業保険にどう影響するかの2本です。あわせてどうぞ。
